Honkarakenne Oyj:llä on yhtiöjärjestyksen mukaan yksi varsinainen tilintarkastaja ja yksi varatilintarkastaja. Mikäli varsinaiseksi tilintarkastajaksi valitaan tilintarkastusyhteisö, ei varatilintarkastajaa tarvitse valita. Tilintarkastajien toimikausi käsittää valinnan tapahtuessa kulumassa olevan tilikauden ja heidän tehtävänsä päättyy vaalia ensiksi seuraavan varsinaisen yhtiökokouksen päättyessä.
Varsinaisen yhtiökokouksen valitsemana tilintarkastajana vuonna 2014 toimi KHT-yhteisö PricewaterhouseCoopers Oy, päävastuullisena tilintarkastajana KHT Maria Grönroos.
Yhtiökokouksen päätöksen mukaisesti tilintarkastuspalkkio maksetaan kohtuullisen laskun mukaan. Konsernin tilintarkastuspalkkio vuonna 2014 oli 38 tuhatta euroa (38 tuhatta vuonna 2013). Vuonna 2014 tilintarkastajalle maksettiin yhteensä 71 tuhatta euroa (67 tuhatta vuonna 2013) tilintarkastukseen, neuvontaan, verotukseen ja muihin palveluihin liittyen.